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SCFIA는 복합 펩타이드 또는 단백질 혼합물의 분석에서 여러 액체 크로마토그래피/질량 분광법(LC/MS) 데이터 세트에서 해당 기능(동일한 펩티드에 의해 등록된 LC 피크)을 식별하는 중요한 도구이다.